В одном из регистров не было реквизита "Организация". Я добавил реквизит и написал обработку, которая вытаскивает организацию из документа и проставляет в измерение "Организация". Работает для любого регистра накопления.
В обработке нужно заполнить в поле "Имя регистра" название регистра и нажать кнопку "Проставить организацию". Сообщения со списком отработанных документов выводятся только после завершения работы серверной части.